หน่วยงานในสังกัด สำนักงานสัตวเเพทย์สาธารณสุข  มีด้วยกันทั้งหมด 7 กลุ่ม คือ

1.กลุ่มบริการชุมชนทางสัตวแพทย์สาธารณสุข

    มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการบริการตรวจรักษาและจดทะเบียนสุนัขเลี้ยงในคลินิกสัตวแพทย์ทั้ง 7 แห่งของสำนักงานฯ การป้องกันโรคสัตว์และปศุสัตว์ในชุมชนทั่วกรุงเทพมหานคร การควบคุมจำนวนสุนัขเลี้ยงและสุนัขจรจัดด้วยวิธีการผ่าตัดทำหมัน การส่งเสริมการเลี้ยงสัตว์อย่างถูกวิธี รวมทั้งให้คำปรึกษาในการเฝ้าระวังโรคตามกฎหมายว่าด้วยการสาธารณสุข

2.กลุ่มพัฒนาทางระบาดวิทยาโรคสัตว์สู่คน

     มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการพัฒนาทางระบาดวิทยาเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการควบคุมและป้องกันโรคสัตว์ การสอบสวนและเฝ้าระวังโรคติดต่อจากสัตว์สู่คนและโรคอุบัติใหม่ รวมทั้งปฏิบัติหน้าที่เป็นศูนย์ข้อมูลข่าวสารด้านสัตวแพทย์สาธารณสุข เพื่ออบรมและเผยแพร่ความรู้แก่ประชาชนทั่วไป

3.กลุ่มควบคุมและพักพิงสุนัข

     มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการตรวจสอบสุนัขในพื้นที่สาธารณะ การกักกันโรคสัตว์และการดูแลสถานที่เลี้ยงสุนัขจรจัดของสำนักงานฯ การหาผู้อุปการะใหม่ให้กับสุนัขจรจัดที่ผ่านการฝึกฝน การส่งคืนและจดทะเบียนสุนัขเลี้ยงแก่เจ้าของ การควบคุมจำนวนสุนัขจรจัดด้วยวิธีการผ่าตัดทำหมัน รวมทั้งติดตามและประเมินผลการเลี้ยงสุนัขตามกฎหมายว่าด้วยการควบคุมการเลี้ยงหรือปล่อยสุนัข

4.กลุ่มควบคุมและการตรวจเนื้อสัตว

     มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการตรวจสุขภาพสัตว์ก่อนและหลังการฆ่า การตรวจสุขอนามัยเนื้อสัตว์แบบมหภาคในโรงฆ่าสัตว์และแหล่งฆ่าสัตว์อื่นตาม พิธีกรรมทางศาสนา ตามกฎหมายว่าด้วยการควบคุมการฆ่าสัตว์และจำหน่ายเนื้อสัตว์ การออกเก็บตัวอย่างเนื้อสัตว์ ให้คำปรึกษา และแนะนำด้านสุขลักษณะตามสถานที่จำหน่ายเนื้อสัตว์ และห้องตัดแต่งเนื้อสัตว์และสุขอนามัยเนื้อสัตว์ รวมทั้งเผยแพร่ความรู้ทางวิชาการที่เกี่ยวข้องตามกฎหมายว่าด้วยการสาธารณสุข

5.กลุ่มควบคุมโรคพิษสุนัขบ้า

     มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการเฝ้าระวัง ควบคุม และป้องกันโรคพิษสุนัขบ้าในกรุงเทพมหานคร การควบคุมการสัมผัสโรค การสังเกตอาการ การส่งชันสูตร ติดตามทิศทางการระบาดของโรคพิษสุนัขบ้า การควบคุมจำนวนสุนัขเลี้ยงและสุนัขจรจัดด้วยวิธีการผ่าตัดทำหมัน รวมทั้งเผยแพร่ประชาสัมพันธ์ด้านสุขศึกษาตามกฎหมายว่าด้วยการป้องกันโรคพิษสุนัขบ้า

6.กลุ่มชันสูตรโรคสัตว์

     มีหน้าที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการตรวจวิเคราะห์ตัวอย่างเนื้อสัตว์ทางจุลชีววิทยาในโรงฆ่าสัตว์และสถานที่จำหน่ายเนื้อสัตว์ เพื่อตรวจวิเคราะห์คุณภาพและสุขอนามัยเนื้อสัตว์ในห้องปฏิบัติการ การตรวจยาปฏิชีวนะตกค้างในเนื้อและนมสัตว์ตามกฎหมายว่าด้วยการควบคุมการฆ่าสัตว์และจำหน่ายเนื้อสัตว์ รวมทั้งเผยแพร่ความรู้ทางวิชาการที่เกี่ยวข้องตามกฎหมายว่าด้วยการสาธารณสุข

7.ฝ่ายบริหารงานทั่วไป