หลังจากที่รัฐบาลคณะปฏิวัติประกาศเลิกโรงสูบฝิ่นเมื่อปี พ.ศ. 2501 และเปิดรักษาผู้ติดฝิ่นและเฮโรอีน ในปี พ.ศ. 2518 เป็นปีที่มีการระบาดของการเสพเฮโรอีนมากที่สุด โดยเฉพาะในหมู่เยาวชน

                     รัฐบาลได้กำหนดมาตรการในการแก้ไขปัญหายาเสพติดไว้ 4 ประการคือ การป้องกัน การบำบัดรักษา การปราบปราม และการปลูกพืชทดแทน กรุงเทมหานครมีอำนาจหน้าที่ดำเนินการ 2 ประการ คือ การป้องกัน และการบำบัดรักษา เพื่อลดความต้องการเสพติด (Demand Reduction) โดยใช้กลวิธีป้องกันยาเสพติด เพื่อมิให้มีผู้ติดยาเสพติดเพิ่มขึ้นและให้การบำบัดรักษาผู้ติดยาเสพติดให้มีความต้องการยาเสพติดน้อยลงหรือสามารถเลิกเสพได้

                     สำนักอนามัย กรุงเทพมหานคร เป็นหน่วยงานที่รับผิดชอบเกี่ยวกับสุขภาพอนามัยของประชาชน ในเขตกรุงเทพมหานคร ได้เล็งเห็นถึงปัญหานี้และพยายามตั้งต้นแก้ปัญหา ทั้งด้านป้องกันการบำบัดรักษาการฟื้นฟูสมรรถภาพและติดตามผลหลังการรักษา    จึงได้จัดตั้งโครงการทดลองเปิดให้บริการรักษาผู้ติดยาเสพติดระบบสมัครใจแบบผู้ป่วยนอกโดยการถอนพิษยาด้วยเมทาโดน ณ ศูนย์บริการสาธารณสุข 16 ลุมพินี ปี พ.ศ.2519 เป็นเวลา 1 ปี โดยได้รับความช่วยเหลือจากองค์การสหประชาชาติผ่านกองทุนควบคุมการใช้ยาในทางที่ผิดและกระทรวงสาธารณสุข ซึ่งผลของการทดลองเป็นที่พึงพอใจมีผู้ติดยาเสพติดสนใจมาสมัครใจเข้ารับ การรักษาเป็นจำนวนมาก จึงได้เริ่มโครงการป้องกันและบำบัดการติดยาเสพติดขึ้น เป็นโครงการ 5 ปี เพื่อเปิดคลินิกยาเสพติด .  ให้การบริการด้านบำบัดรักษาและให้คำแนะนำเกี่ยวกับการป้องกันยาเสพติดขึ้น โดยได้รับความช่วยเหลือจากรัฐบาลสหรัฐอเมริกา เมื่อปี 2521 และได้ลงนามในสัญญาให้ความช่วยเหลือระหว่างรัฐบาลสหรัฐอเมริกาและรัฐบาลไทย เมื่อวันที่ 3 มีนาคม 2521 ณ ห้องประชุมกรมวิเทศสหการ โดยมี ฯพณฯ ชาร์ลส์ เอส ไวท์เฮ้าส์ เอกอัครราชทูตอเมริกันประจำประเทศไทยในขณะนั้นเป็นผู้ลงนามในฐานะผู้แทนรัฐบาลสหรัฐอเมริกา และนายชูชาติ ประมูลผล อธิบดีกรมวิเทศสหการในขณะนั้นเป็นผู้ลงนามในฐานะผู้แทนรัฐบาลไทย โครงการป้องกันและบำบัดการติดยาเสพติดมีวัตถุประสงค์เพื่อลดความต้องการในการใช้ยาเสพติดในประเทศไทย (Reduce The Demand For Narcotic Drugs in Thailand) โดยเปิดคลินิกยาเสพติดเพื่อให้บริการด้านบำบัดรักษาและด้านป้องกันการติดยาเสพติดปีละ 3 แห่ง เป็นเวลา 5 ปี รวมเป็น  15 แห่ง

                     ฉะนั้น เพื่อให้การดำเนินงานตามโครงการป้องกันและบำบัดการติดยาเสพติดบรรลุตามเป้าหมายที่ตั้งไว้ และเพื่อให้การประสานงานตามนโยบายการป้องกันและปราบปรามยาเสพติดของรัฐบาล สำนักอนามัยจึงได้ขออนุมัติจัดตั้งกองป้องกันและบำบัด   การติดยาเสพติดขึ้นเพื่อประสานงานในเรื่องนี้และได้รับความเห็นชอบจากคณะผู้บริหารในการประชุมครั้งที่ 22/2520 วันที่ 20 พฤศจิกายน 2520 ให้จัดตั้งฝ่ายป้องกันและบำบัดการติดยาเสพติด เพื่อบริหารงาน สนับสนุน เร่งรัด ประสานแผนและกิจกรรมที่เกี่ยวข้องในการป้องกันและบำบัดการติดยาเสพติด และรับผิดชอบบริหารงานโครงการป้องกันและบำบัดการติดยาเสพติด

                      ฝ่ายป้องกันและบำบัดการติดยาเสพติด ได้รับอนุมัติเป็นกองป้องกันและบำบัดการติดยาเสพติด เมื่อวันที่ 10 เมษายน 2532 และปัจจุบันได้รับอนุมัติเป็น สำนักงานป้องกันและบำบัดการติดยาเสพติด โดยแบ่งส่วนราชการภายในเป็น 1 ฝ่าย 4 กลุ่ม ดังนี้

1. 1.    ฝ่ายบริหารงานทั่วไป
2. 2.    กลุ่มแผนงานและระบบข้อมูลยาเสพติด
3. 3.    กลุ่มป้องกันการติดยาเสพติด
4. 4.    กลุ่มพัฒนาการบำบัดรักษาผู้ติดยาเสพติด
5. 5.    กลุ่มฟื้นฟูสมรรถภาพผู้ติดยาเสพติด