เครื่องปรับอากาศอาจแฝงมาภัย หากขาดการดูแลรักษาที่เหมาะสม เพราะในเครื่องปรับอากาศมีความชื้น ทำให้ภายในตัวเครื่องปรับอากาศและท่อทางเป็นที่เจริญเติบโตของเชื้อโรคทั้งแบคทีเรีย ไวรัส หรือเชื้อรา โดยเฉพาะแบคทีเรีย “ลิจิโอเนลลานิวโมฟิวลา” หากหายใจเอาฝอยละอองน้ำที่มีเชื้อนี้ปนเปื้อนเข้าไปจะส่งผลกระทบต่อสุขภาพ โดยลักษณะอาการมี 2 แบบคือ แบบปอดอักเสบรุนแรง มีไข้สูง ไอ หนาวสั่น เรียกว่าโรคลิเจียนแนร์ และแบบคล้ายไข้หวัดใหญ่ เรียกว่าไข้ปอนตีแอก หรือปอนเตียก

เครื่องปรับอากาศแบบระบบรวมควรเปิดน้ำทิ้งจากหอหล่อเย็นให้แห้งเมื่อไม่ได้ใช้ควรทำความสะอาดขัดถูคราบไคลตะกอน เติมน้ำยาฆ่าเชื้อโรคในปริมาณที่เหมาะสม เพื่อฆ่าเชื้อรา และทำความสะอาดหอหล่อเย็นอย่างน้อย 1-2 ครั้งต่อเดือน ไม่ให้มีตะไคร่เกาะ ทำลายเชื้อโดยใส่คลอรีนให้มีความเข้มข้น 10 ppm เข้าท่อที่ไปหอผึ่งเย็นให้ทั่วถึง ทั้งระบบไม่น้อยกว่า 3-6 ชั่วโมง หลังจากนั้นรักษาระดับคลอรีนให้ความเข้มข้นไม่น้อยกว่า 0.2 ppm และ เครื่องปรับอากาศในห้องพัก ต้องทำความสะอาดถาดรองน้ำที่หยดจากท่อคอยส์เย็นทุก 1-2 สัปดาห์ ไม่ให้มีตะไคร่เกาะหรือใส่น้ำยาฆ่าเชื้อโรคที่ไม่เป็นอันตรายต่อสุขภาพของคน

สำหรับ เครื่องปรับอากาศที่ใช้ตามบ้านเรือน เมื่อเปิด เครื่องปรับอากาศควรสังเกตว่าอากาศที่ออกมาจากแอร์มีกลิ่นเหม็นหรือมีกลิ่นอับหรือไม่ หากมีกลิ่นในเบื้องต้นควรล้างทำความสะอาดแผ่นกรองอากาศด้วยน้ำสบู่หรือน้ำยาฆ่าเชื้อโรค หากล้างทำความสะอาดแล้วกลิ่นไม่หาย ควรเรียกช่างเพื่อทำความสะอาดแบบเต็มระบบ การล้างทำความสะอาดแอร์ควรทำเป็นประจำ โดยดูตามความเหมาะสมจากสภาพแวดล้อมและการใช้งาน หากเป็นแผ่นกรองอากาศควรล้างด้วยน้ำสบู่หรือน้ำยาฆ่าเชื้อโรคแล้วใช้น้ำฉีดแรงๆ ที่ด้านหลัง ด้านที่ไม่ได้รับฝุ่น ให้ฝุ่นและสิ่งสกปรกหลุดออกอย่างน้อยเดือนละครั้ง และควรล้างแอร์แบบเต็มระบบอย่างน้อยปีละ ๒ ครั้ง เพราะนอกจากจะช่วยลดเชื้อโรคที่อาจสะสมอยู่ในแอร์แล้ว ยังช่วยประหยัดพลังงานไฟฟ้าได้อีกด้วย