ประวัติดั้งเดิมเริ่มจาก พระยาพิสณฑ์สมบัติบริบูรณ์ นามเดิมว่า ยิ้ม พิศลยบุตร รับราชการในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มีตำแหน่งเป็นหลวงภาษีวิเศษ พระภาษีสมบัติบริบูรณ์ พระยาพิสณฑ์สมบัติบริบูรณ์ ซึ่งเป็นตำแหน่งสูงสุดในสมัยนั้น และประชาชนทั่วไปเรียกว่า "เจ้าสัว" พระยาพิสณฑ์สมบัติบริบูรณ์เป็นเจ้าของเรือกลไฟลำแรกของคนไทย รับ-ส่ง ผู้โดยสารและสินค้าระหว่างกรุงเทพฯ-สิงคโปร์ ในปี พ.ศ. 2401 พระยาพิสณฑ์สมบัติบริบูรณ์เป็นผู้ดำริในการขุดคลองภาษีเจริญ เริ่มตั้งแต่แม่น้ำท่าจีนที่ตำบลดอนไก่ดี จังหวัดสมุทรสาคร ถึงคลองบางกอกใหญ่ใกล้วัดปากน้ำภาษีเจริญ จังหวัดธนบุรี เพื่อเป็นการสัญจรทางน้ำ โดยมุ่งเน้นการส่งอ้อยและน้ำตาลจากต่างจังหวัดเข้าสู่กรุงเทพฯ ซึ่งในปีเถาะ พ.ศ. 2410 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงโปรดเกล้าฯ ให้พระภาษีสมบัติบริบูรณ์เป็นแม่กองงาน ขุดคลองยาว 620 เส้น กว้าง 7 วา ลึก 5 ศอก พระราชทานค่าจ้างเป็นเงิน 112,800 บาท ขุดแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2415 ชาวบ้านจึงเรียกคลองนี้ว่า "คลองภาษีเจริญ" ตามนามของแม่กองงาน ต่อมามีราษฎรย้ายมาอยู่ริมคลองภาษีเจริญมากขึ้น เป็นชุมชนใหญ่ จึงได้ตั้งเป็นอำเภอภาษีเจริญขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2442 มีอาคารที่ทำการอยู่วัดรางบัว ริมคลองภาษีเจริญ แขวงบางหว้า อยู่ที่นี้ 75 ปี สถานที่คับแคบไม่สะดวกในการบริการประชาชนได้ทั่วถึง ประกอบกับทางราชการได้สร้างถนนเพชรเกษม และตรอกซอยขึ้นมากมาย การเดินทางสัญจรไปมาทางเรือจึงลดน้อยลง คุณทิพย์ นิยมเหตุ คหบดีได้บริจาคที่ดินริมซอยเพชรเกษม 54 ให้สร้างอาคารที่ทำการอำเภอใหม่ และให้สร้างสถานีตำรวจนครบาลภาษีเจริญด้วย จึงได้สร้างอาคารที่ทำการใหม่ขึ้น และย้ายมาอยู่เมื่อปี พ.ศ. 2517 จนถึงปัจจุบัน
                ส่วนชื่ออำเภอภาษีเจริญนั้น เดิมเป็นอำเภอหนึ่งของจังหวัดธนบุรี ตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2442 ต่อมาทางราชการให้รวมจังหวัดพระนครกับจังหวัดธนบุรีเป็นจังหวัดเดียวกัน เรียกว่า กรุงเทพมหานคร และชื่ออำเภอภาษีเจริญ เป็นเขตภาษีเจริญ ตามประกาศคณะปฏิวัติฉบับที่ 335 ลงวันที่ 13 ธันวาคม 2515 มีฐานะเป็นหน่วยการปกครองของกรุงเทพมหานคร ตามพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกรุงเทพมหานคร พ.ศ. 2528 อำเภอภาษีเจริญ ได้รับการสถาปนาตั้งเป็นอำเภอเมื่อปี พ.ศ. 2442 และครบ 100 ปี เมื่อปี พ.ศ. 2542

(ปรับปรุงข้อมูลล่าสุด วันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2565)