กองควบคุมระบบคอมพิวเตอร์รับผิดชอบเกี่ยวกับการกำหนดแนวทางในด้านการนำระบบปฏิบัติการ ระบบจัดการฐานข้อมูล ระบบเครือข่ายมาใช้กับระบบคอมพิวเตอร์ของกรุงเทพมหานคร ควบคุม ดูแลการกำหนดแนวทางในการดูแลบำรุงรักษาระบบการให้บริการกับทุกหน่วยงาน การแก้ไขปัญหาในการปฏิบัติงานกับระบบงาน การวางแผน และพัฒนาการเพิ่มขีดความสามารถในแต่ล่ะระบบ การบริหารงานบันทึกข้อมูล การนำข้อมูลเข้าสู่ระบบรวมทั้งการประมวลผลข้อมูลให้คำปรึกษา แนะนำแก้ไขปัญหาภายในหน่วยงาน และปฏิบัติหน้าที่อื่นที่เกี่ยวข้อง