คณะกรรมการพิทักษ์ระบบคุณธรรมข้าราชการกรุงเทพมหานครและบุคลากรกรุงเทพมหานคร หรือเรียกโดยย่อว่า “ก.พ.ค. กรุงเทพมหานคร” จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการกรุงเทพมหานครและบุคลากรกรุงเทพมหานคร พ.ศ. 2554 หมวด 2 มาตรา 30 – 39 มีอำนาจหน้าที่เสนอแนะต่อ ก.ก. เพื่อให้ ก.ก. ดำเนินการจัดให้มีหรือปรับปรุงนโยบายการบริหารทรัพยากรบุคคลของกรุงเทพมหานครในส่วนที่เกี่ยวกับการพิทักษ์ระบบคุณธรรม พิจารณาวินิจฉัยอุทธรณ์และเรื่องร้องทุกข์ พิจารณาเรื่อง การคุ้มครองระบบคุณธรรม ออกกฎ ก.พ.ค. กรุงเทพมหานคร ข้อบังคับ ระเบียบ หลักเกณฑ์และวิธีการ เพื่อปฏิบัติการตามพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการกรุงเทพมหานครและบุคลากรกรุงเทพมหานคร พ.ศ. 2554 แต่งตั้งบุคคลซึ่งมีคุณสมบัติและไม่มีลักษณะต้องห้ามตามที่ ก.พ.ค. กรุงเทพมหานคร กำหนด เพื่อเป็นกรรมการวินิจฉัยอุทธรณ์ กรุงเทพมหานคร หรือเป็นกรรมการวินิจฉัยร้องทุกข์ กรุงเทพมหานคร และปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายว่าด้วยระเบียบข้าราชการพลเรือนบัญญัติให้เป็นอำนาจของ ก.พ.ค. เท่าที่ไม่ขัดหรือแย้งกับพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการกรุงเทพมหานครและบุคลากรกรุงเทพมหานคร พ.ศ. 2554 ก.พ.ค. กรุงเทพมหานคร จึงเป็นด่านสุดท้ายของฝ่ายบริหารในการควบคุมตรวจสอบและ อำนวยความเป็นธรรมในการบริหารงานบุคคลของกรุงเทพมหานคร เพราะเมื่อผ่านการพิจารณาวินิจฉัย ของ ก.พ.ค. กรุงเทพมหานคร แล้ว หากผู้อุทธรณ์หรือผู้ร้องทุกข์ไม่เห็นด้วยกับคำวินิจฉัยทั้งหมดหรือบางส่วนสามารถใช้สิทธิฟ้องคดีต่อศาลปกครองชั้นต้นต่อไปได้

            เดิมการพิทักษ์ระบบคุณธรรมเป็นหน้าที่ของคณะกรรมการข้าราชการกรุงเทพมหานคร หรือ ก.ก. (ปัจจุบัน คือ คณะกรรมการข้าราชการกรุงเทพมหานครและบุคลากรกรุงเทพมหานคร) โดยทำหน้าที่ 3 ลักษณะ คือ

1. ลักษณะนิติบัญญัติ โดยออกกฎ ระเบียบ หลักเกณฑ์ และวิธีการในการบริหารงานบุคคล
2. ลักษณะบริหาร โดยพิจารณาอนุมัติเรื่องการบริหารงานบุคคลที่ส่วนราชการเจ้าสังกัดขอมา
3. ลักษณะตุลาการ โดยพิจารณาการลงโทษทางวินัย อุทธรณ์ และเรื่องร้องทุกข์บางกรณี

การให้คณะกรรมการข้าราชการกรุงเทพมหานคร (ก.ก.) ในขณะนั้น มีบทบาททั้ง 3 ลักษณะ จึงมีความไม่เหมาะสม 2 ประการ คือ

1. ทำให้คณะกรรมการข้าราชการกรุงเทพมหานคร (ก.ก.) เป็นองค์กรที่ออกกฎ ระเบียบ หลักเกณฑ์และวิธีการเอง ปฏิบัติเอง และตัดสินชี้ขาดเอง ทำให้หลักประกันความเป็นธรรมของข้าราชการหย่อนไป
2. ทำให้คณะกรรมการข้าราชการกรุงเทพมหานคร (ก.ก.) เป็นองค์กรที่ปฏิบัติหน้าที่ภายใต้ฝ่ายบริหาร และควบคุมฝ่ายบริหาร ไม่สามารถให้ความเป็นธรรมแก่ข้าราชการได้เต็มที่ เนื่องจากคณะกรรมการข้าราชการ กรุงเทพมหานคร (ก.ก.) ในขณะนั้น เป็นองค์กรในกำกับของฝ่ายบริหารมีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ซึ่งเป็นฝ่ายการเมืองเป็นประธานกำกับอยู่ ซึ่งในการพิจารณาอุทธรณ์และเรื่องร้องทุกข์ต้องเสนอความเห็น ให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยในฐานะนายกรัฐมนตรีสั่งการ คณะกรรมการข้าราชการกรุงเทพมหานคร (ก.ก.) ไม่มีอิสระในการใช้ดุลยพินิจที่จะคุ้มครองความเป็นธรรมและความมั่นคงในการดำรงสถานภาพ ของข้าราชการได้เพียงพอ
   
   ดังนั้น ในการปรับปรุงกฎหมายว่าด้วยการบริหารงานบุคคลของกรุงเทพมหานครจึงกำหนดให้มีองค์กรพิทักษ์ระบบคุณธรรมตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2550 มาตรา 288 วรรคสอง ที่บัญญัติว่า ในการบริหารงานบุคคลขององค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ต้องมีองค์กรพิทักษ์ระบบคุณธรรม ของข้าราชการส่วนท้องถิ่น เพื่อสร้างระบบคุ้มครองคุณธรรมและจริยธรรมในการบริหารงานบุคคล ทั้งนี้ ตามที่กฎหมายบัญญัติ พระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการกรุงเทพมหานครและบุคลากรกรุงเทพมหานคร พ.ศ. 2554 จึงได้บัญญัติให้มีคณะกรรมการพิทักษ์ระบบคุณธรรมข้าราชการกรุงเทพมหานครและบุคลากรกรุงเทพมหานคร (ก.พ.ค. กรุงเทพมหานคร) ขึ้น ประกอบด้วยกรรมการ จำนวน 5 คน โดยต้องทำงานเต็มเวลา มีวาระการดำรงตำแหน่ง 6 ปี นับตั้งแต่วันที่นายกรัฐมนตรีแต่งตั้ง และให้ดำรงตำแหน่งได้เพียงวาระเดียว ก.พ.ค. กรุงเทพมหานคร เป็นองค์กรที่เป็นอิสระจากฝ่ายบริหาร ทำหน้าที่พิทักษ์ระบบคุณธรรมโดยยกบทบาทลักษณะตุลาการจากคณะกรรมการข้าราชการกรุงเทพมหานคร (ก.ก.) ไปเป็นของคณะกรรมการพิทักษ์ระบบคุณธรรมข้าราชการกรุงเทพมหานครและบุคลากรกรุงเทพมหานคร (ก.พ.ค. กรุงเทพมหานคร) เพื่อทำหน้าที่พิจารณาวินิจฉัยอุทธรณ์และเรื่องร้องทุกข์ และคุ้มครองระบบคุณธรรมในการบริหารงานบุคคลของข้าราชการกรุงเทพมหานคร
    

ก.พ.ค. กรุงเทพมหานคร มาจากการคัดเลือกโดยคณะกรรมการคัดเลือกกรรมการ ก.พ.ค. กรุงเทพมหานคร ประกอบด้วย ประธานศาลปกครองสูงสุด เป็นประธาน รองประธานศาลฎีกาที่ได้รับมอบหมายจากประธานศาลฎีกาหนึ่งคน กรรมการ ก.ก. ผู้ทรงคุณวุฒิหนึ่งคนซึ่งได้รับเลือกโดย ก.ก. เป็นกรรมการ และหัวหน้าสำนักงาน ก.ก. เป็นกรรมการและเลขานุการ