เมื่อวันที่ 31 มีนาคม 2549 กองพัฒนาข้าราชการครูกรุงเทพมหานครได้รับการจัดตั้งให้เป็นส่วนราชการระดับ “กอง” สังกัดสำนักการศึกษา ตามประกาศกรุงเทพมหานคร เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในหน่วยงานและการกำหนดอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการกรุงเทพมหานคร (ฉบับที่ 60) ลงวันที่ 31 มีนาคม 2549 แบ่งงานภายในส่วนราชการออกเป็น (1) งานธุรการ  (2) กลุ่มงานแผนงานและพัฒนาหลักสูตรการฝึกอบรม  (3) กลุ่มงานพัฒนาบุคลากร  และ (4) กลุ่มงานพัฒนาผู้นำลูกเสือและยุวกาชาด  โดยมีผู้อำนวยการกองพัฒนาข้าราชการครูกรุงเทพมหานครคนแรก คือ นายสำเนา จริตธรรม  

          ต่อมาในปี พ.ศ. 2561 กองพัฒนาข้าราชการครูกรุงเทพมหานครได้รับการยกฐานะส่วนราชการระดับ “กอง” เป็น “สถาบันพัฒนาข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษากรุงเทพมหานคร” ซึ่งมีฐานะเทียบเท่าสำนักงาน เมื่อวันที่ 30 สิงหาคม 2561 ตามประกาศกรุงเทพมหานคร เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในหน่วยงานและการกำหนดอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการกรุงเทพมหานคร (ฉบับที่ 105) ลงวันที่ 30 สิงหาคม 2561 โดยอักษรย่อของหน่วยงานคือ “สขบ.” แบ่งงานออกเป็น 3 ส่วน คือ ฝ่ายบริหารงานทั่วไป ส่วนวิชาการและพัฒนาข้าราชการครู และส่วนพัฒนากิจการลูกเสือและยุวกาชาด  โดยมีผู้อำนวยการสถาบันพัฒนาข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษากรุงเทพมหานครคนแรก คือ นายพรนิวัฒน์ แป้นเพชร