การดำเนินงานกองทุนหลักประกันสุขภาพระดับท้องถิ่น หรือพื้นที่เริ่มดำเนินการนับตั้งแต่
ได้มีประกาศคณะกรรมการหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ เรื่อง การกำหนดหลักเกณฑ์เพื่อสนับสนุน
ให้องค์การบริหารส่วนตำบลหรือเทศบาลดำเนินงานและบริหารจัดการระบบหลักประกันสุขภาพ
ในระดับท้องถิ่นหรือพื้นที่เมื่อวันที่ ๒๘ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๔๙ ซึ่งในปีแรกมีองค์การบริหาร
ส่วนตำบลและเทศบาลนำร่อง จัดตั้งกองทุน รวม ๘๘๘ แห่งจนถึงปี พ.ศ. ๒๕๕๓ มีการขยายไปถึง
๕,๕๒๐ แห่ง คิดเป็นร้อยละ ๗๑.๐๐ ของจำนวนองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นทั้งหมดของประเทศ
โดยกองทุนหลักประกันสุขภาพระดับท้องถิ่นหรือพื้นที่ถือเป็นนวัตกรรมที่สำคัญในระบบสุขภาพ
ของประเทศไทย เป็นการส่งเสริมการมีส่วนร่วมดูแลสุขภาพของประชาชนจากหลายภาคส่วน
ในสังคม โดยมีองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นเป็นกลไกการประสานหน่วยงาน องค์กร และภาคีเครือข่าย
ในพื้นที่เพื่อร่วมค้นหาปัญหาและความต้องการของประชาชน วางแผน และส่งเสริมให้เกิด
การดำเนินกิจกรรมด้านสุขภาพ สามารถติดตามประเมินผลการดำเนินงานอย่างเป็นรูปธรรม
กับประชาชน โดยบุคลากรด้านสาธารณสุขและทุกฝ่ายที่เกี่ยวข้องสนับสนุนให้ประชาชนเกิด
ความตระหนักต่อการปรับเปลี่ยนพฤติกรรมสุขภาพ สามารถพึ่งตนเองด้านสุขภาพ
          กรุงเทพมหานครได้มีการจัดตั้งกองทุนหลักประกันสุขภาพกรุงเทพมหานครขึ้น เมื่อวันที่
๑๖ กรกฎาคม ๒๕๖๑ ซึ่งอยู่ภายใต้กองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ มีการขับเคลื่อนและ
บริหารจัดการ โดยมีวัตถุประสงค์สำคัญเพื่อให้ประชาชนมีการดูแลสุขภาพอย่างครอบคลุมและทั่วถึง
ในด้านการสร้างเสริมสุขภาพ การป้องกันโรค การฟื้นฟูสมรรถภาพ การรักษาพยาบาลในระดับปฐมภูมิ
เชิงรุกที่จำเป็นต่อสุขภาพและการดำรงชีวิต รวมถึงการดูแลผู้สูงอายุที่มีภาวะพึ่งพิงในชุมชน
เพื่อคุณภาพชีวิตที่ดี จึงจำเป็นต้องอาศัยความร่วมมือจากทุกภาคส่วน ตลอดจนหน่วยบริการ
สาธารณสุขต่างๆและประชาชน
          การดำเนินงานกองทุนหลักประกันสุขภาพกรุงเทพมหานครมีคณะกรรมการกองทุนฯ
ที่ประกอบด้วย ผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานครเป็นประธาน ผู้แทนจากหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง
อาทิ ผู้แทนสำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ ผู้ตรวจราชการกระทรวงสาธารณสุข ผู้แทน
อาสาสมัครสาธารณสุขกรุงเทพมหานคร ผู้แทนศูนย์ประสานงานหลักประกันสุขภาพประชาชน
หรือหน่วยรับเรื่องร้องเรียนอิสระในพื้นที่ ผู้แทนองค์กรเอกชน ผู้ทรงคุณวุฒิ และผู้อำนวยการ                                                                                                 สำนักภายใต้สังกัดกรุงเทพมหานครที่เกี่ยวข้อง ซึ่งจะส่งผลให้มีการดำเนินงานกองทุนฯ ได้อย่าง
รอบด้านและเหมาะสม เพื่อความครอบคลุมกองทุนจึงได้มีการจัดตั้งสำนักงานกองทุนสาขา
ในพื้นที่ครบทั้ง ๕๐ เขต โดยมีส่วนร่วมในการบริหารจัดการในพื้นที่ของแต่ละเขต จึงทำให้กิจกรรม
ที่ได้จัดทำขึ้นภายใต้กองทุนนี้มีความเหมาะสมกับบริบทสุขภาพของประชาชนในแต่ละเขต
ที่มีความแตกต่างกัน
          กองทุนหลักประกันสุขภาพกรุงเทพมหานครได้รับการจัดสรรงบประมาณจากสำนักงาน
หลักประกันสุขภาพแห่งชาติในอัตรา ๔๕ บาท ต่อประชากร และได้รับการสมทบเพิ่มจาก
งบประมาณของกรุงเทพมหานครในอัตราไม่น้อยกว่าร้อยละ ๖๐ ของเงินที่ได้รับการจัดสรร
จากกองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ ตามพระราชบัญญัติหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๔๕
มีการบริหารจัดการเงินกองทุนฯ โดยคณะกรรมการกองทุนหลักประกันสุขภาพกรุงเทพมหานคร
ซึ่งมีอำนาจและหน้าที่ในการจัดสรรกรอบวงเงินตามจำนวนประชากรของแต่ละเขตพื้นที่และพิจารณา
อนุมัติแผนงานหรือโครงการหรือกิจกรรมให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์กองทุนฯ และมีการควบคุม
กำกับ ติดตามการใช้จ่ายกองทุนฯ หน่วยงาน องค์กรหรือประชาชนให้ดำเนินการตามแผนที่เสนอ
อนุมัติ และสนับสนุนให้ประชาชนกลุ่มเป้าหมายต่างๆ ในพื้นที่สามารถเข้าถึงบริการสาธารณสุข
ทั้งที่บ้าน ในชุมชน หรือหน่วยบริการได้อย่างทั่วถึงและมีประสิทธิภาพ